Çankırı'da profesyonel anlamda ilk müze faaliyeti çevreden derlenen 116 parçalık eserin 9 Haziran 1972 tarihinde Halkevi binasının alt katında (Halk Eğitim Merkezi) sergilenmesi ile başlamıştır.

Çalışmalarını 1976 yılına kadar bu binada sürdüren Çankırı Müzesi, Halk Eğitim binasının yıkılıp yerine 100. Yıl Kültür Merkezi'nin yapılması nedeniyle geçici olarak Çankırı Lisesine taşınmıştır. Lisenin bir sınıfı depo haline getirilmiş ve büro faaliyetleri burada yürütülmüştür. 23 Ağustos 1981 tarihinde 100. Yıl Kültür Merkezi'nin tamamlanması ile birlikte Müze bu binanın ikinci katına taşınarak tekrar ziyarete açılmıştır. Ancak Müzenin sürekli artan eser sayısı ile fiziki koşullarının yetersiz hale gelmesi nedeniyle yeni bir binaya ihtiyaç duyulmuştur. Bu kapsamda yürütülen çalışmalar sonucu, korunması gerekli taşınmaz kültür varlığı olarak tescil kaydı bulunan Çankırı Hükümet Konağı ve adliye binası olarak kullanılan yapı müzeye dönüştürülmek üzere Kültür ve Turizm Bakanlığına tahsis edilmiştir. Restorasyonu tamamlanarak 2017 yılında faaliyete geçen bina 3 bin metrekare kapalı ve 600 metrekare açık sergileme alanı ve kafeteryaya sahiptir.

Çankırı Müzesi Doğa Tarihi, Arkeoloji ve Etnografya Bölümü olmak üzere üç ana salondan oluşmaktadır. Müzede 8 milyon yıl öncesine ait fil, gergedan, koyun, keçi, domuz, zürafa, geyik ve primatların atalarına ait fosil buluntuları sergilenmektedir.